組織機構是促進計劃生產、實施、評估的機構，是用來分配企業人力資源，以實現企業經營目標的正式或非正式的體制。物流組織職能就是設計各部門的職能和職權，確定組織中職能職權、參謀職權、直線職權的活動范圍，并隨著組織內外環境不斷的變化而不斷修正的過程。物流組織職能其目的就是通過職能、職權的設置和不不斷修正，使得企業里負責物流活動人員，能夠更好地相互協調和相互協作。

任何類型的企業或組織都會進行物流活動，傳統的物流職能是圍繞財務、動作和營銷這三個部門職能來組織物流活動。物流活動在實際運作過程中，出現不連續的現象，導致效率下降。原因是這個部門與物流職能的目標存在差異，營銷部門的首要職責是使利潤最大化，財務部門首要職責是投資收益最大化，運作部門則是單位成本最小化。作業績效考核以及與利潤的關聯，促使部門的決策產生沖突，甚至影響企業是非常休業績。比如營銷部門會希望快速送貨，而不考慮成本，生產部門負責運輸則期望批量送貨。因此，設置一個組織機構來協調不同的物流活動的決策是非常必要的。正如管理大師彼得.德魯克所說，“一個好的組織機構本身并不創造好的業績，就好比一步完善的憲法并不能保證產生偉大的總統、嚴謹的法律，或者是一個道德的社會。但無論個別的管理者多么優秀，沒有好的組織結構也不可能創造出好的業績。因此，改善組織結構。。。。。。通常能夠提高效率”。物流組織職能的作用可見一斑。

從一般的角度看，物流活動的組織結構也不會不斷地演變進展。企業具體物流組織職能的發揮取決于其內部物流活動的特點，根據物流活動特點對物流組織職能定位是一個前提條件。所謂的定位是關系到將這些經營活動放在企業組織結構中的什么位置，通常它由下列問題決定，即物流活動是分散式管理還是集中式管理，是幕僚管理還是直線管理。